1966-81 : Le ministère de la Culture
Au ministère de la culture, de 1966 à 1981, Jacques Charpentier va se consacrer à la défense, à la mise en oeuvre et au rayonnement de la musique française. Il va oeuvrer dans le sens d'unir l'ensemble des forces musicales du pays, dans le respect de leurs diversités, dans le but de construire une nation musicalement éclairée. Il a tenté de décliner musicalement l'objectif fixé par Malraux visant à "toucher le plus large public possible".
Il développe en priorité l'enseignement spécialisé (plan Landowsky) qui reçoit sous sa direction la plus forte contribution budgétaire de l'Etat jamais attribuée pour le fonctionnement des conservatoires contrôlés par l'Etat.
Malgré les contraintes économiques, il fait multiplier par deux le budget de la musique. Il réalise l'implantation de l'orchestre de Paris dans la salle Pleyel rénovée. Il encourage les actions en faveur des musiques de tradition orale et des musiques populaires. Il promeut la restauration des orgues.
Juillet 1966
Il est nommée Inspecteur principal de la Musique chargé notamment de l'enseignement musical. Cette nomination a été proposée par Marcel Landowski et Olivier Messiaen.
Pour se consacrer pleinement aux missions qui lui sont confiées, Jacques Charpentier démissionne de ses fonctions privées à l'exception de celles d'organiste.
Parallèlement à ses responsabilités officielles, il continuera de composer, de fonder et de présider diverses associations culturelles et musicales dont certaines auront une importance nationale.
Quelques temps après sa nomination au ministère des Affaires culturelles, il représente la Direction de la musique à la commission des orgues qui dépend de la Direction de l'Architecture. En outre, au sein de la Direction de la Musique, il crée et préside la commission des orgues non classées. Il occupera ces deux fonctions jusqu'en 1981.
Sofia (Bulgarie). Il joue les trois premiers cycles de ses Etudes karnatiques et découvre la polyphonie traditionnelle bulgare.
1967
Carnegie Hall, New York (USA). Il assiste à la création de son Prélude pour la Genèse par l'orchestre Paul Kuentz.
Alger, Oran, Constantine, Annaba, Tlemcen (Algérie). Mission officielle sur l'enseignement musical. A Tlemcen, il joue les deux premiers cycles de ses Etudes karnatiques.
Il reçoit le prix de la meilleure partition musicale du Festival de danse de Paris avec le mimodrame La femme et son ombre.
1971
Avec Pierre Cochereau et Pierre Firmin-Didot, il crée le concours international d'orgue de Chartres dont il est resté vice-président fondateur.
En collaboration avec la Maison de la Culture de la Corse dirigée par Henry Mary, il fonde et préside le Festival des Milleli à Ajaccio.
Il dirige au festival d'Aix-en-Provence son opéra Béatrice de Planissolas en langue d'oc qui remportera un grand succès.
1972-1973
Il effectue différentes missions officielles organisées conjointement par le secrétariat d'Etat des départements d'Outre-Mer et du ministère de la Culture aux Antilles et en Guyane.
Rio de Janeiro (Brésil). Madame Villa-Lobos l'invite à participer à différents jurys de concours.
URSS. Invité par l'union des compositeurs d'URSS pour leur congrès à Moscou. Il fait une courte allocution devant une salle de 5000 participants. Sa Symphonie n° 3 Shiva Nataraja et sa Symphonie n° 4 Brazil sont jouées à Moscou et Leningrad. La Symphonie n° 4 est bissée à Leningrad.
1974
Il devient organiste titulaire du grand orgue de St Nicolas du Chardonnet à Paris, poste qu'il occupera jusqu'en 1977, date à laquelle les options liturgiques de la paroisse changèrent.
La ville de Metz lui commande son Livre d'orgue, grande fresque composée en hommage à St Thomas d'Aquin, qu'il crée lui-même dans le cadre des Journées de musique contemporaine de Metz.
Avec Pierre Firmin-Didot et Pierre Cochereau, il crée le Grand prix de Chartres, l'un des plus prestigieux concours d'orgue au monde. Il en est toujours le vice-président.
1975
Il est nommé Inspecteur général de la Musique par le ministre Michel Guy.
Il milite pour la création d'un second conservatoire national supérieur de musique et de danse à Lyon et sera récompensé pour sa ténacité dans ce dossier par la création administrative du CNSMD de Lyon en date du 3 février 1980.
Il crée et préside le Centre des études grégoriennes et des musiques traditionnelles comparées à l'Abbaye de Sénanque (Vaucluse).
Il est membre du comité de lecture de Radio France.
Tahiti (Polynésie française). Mission d'inspection culturelle et musicale des territoires d'Outre-Mer. Escale à Los Angeles et visite des studios d'Hollywood.
Nouméa (Nouvelle Calédonie). Mission d'inspection culturelle et musicale des territoires d'Outre-Mer.
Belgrad (Yougoslavie). Président du jury du Concours international de musique de chambre.
Il est nommé Commandeur de l'Ordre national des Arts et Lettres.
1976
Il fonde et devient président de l'Association départementale d'information et d'actions musicales du Val d'Oise (ADIAM 95). Il en deviendra le président d'honneur en 2010.
Il est élu président du Festival musical d'automne des jeunes interprètes (FMAJI).
Il est membre fondateur du Festival d'art sacré de la Ville de Paris.
1978
Il reçoit le Grand prix musical de la Ville de Paris.
1979
Sur proposition d'Isabelle du Saillant, membre du cabinet ministériel, Jean-Philippe Lecat, ministre de la Culture et de la Communication, le nomme Directeur de la Musique, de l'Art lyrique et de la Danse.
A ce titre, il siège au conseil d'administration de l'Opéra de Paris.
1980
Budapest (Hongrie). Fait partie de la délégation officielle qui accompagne le ministre de la Culture en Hongrie pour prendre connaissance des méthodes d'enseignement de la musique en Hongrie.
Octobre 1981
Jacques Charpentier quitte le ministère de la Culture et de la Communication.
De son long passage au ministère de la Culture, on se rappellera qu'il a oeuvré constamment pour le maintien des aides d'Etat en faveur de la création musicale, qu'il a combattu pour l'augmentation constante des crédits alloués à l'enseignement de la musique (plan Landowski) et qu'il a toujours apporté son soutien aux musiques traditionnelles, soit en créant des classes dans les conservatoires, soit en portant les projets des associations spécialisées.
Il se consacrera désormais à l'action culturelle et à l'enseignement.
1977-89
Inscrit sur une liste sans appartenance politique aux élections municipales de Montmorency (Val d'Oise) où il réside, il est élu au conseil municipal avec plus de 60% des voix au premier tour. Il occupe le fauteuil de premier adjoint au maire chargé de la culture. Il sera réélu au mandat suivant (1983-89). Souhaitant se consacrer pleinement à ses responsabilités musicales et administratives, il ne se représente pas aux élections municipales de 1989.